Desde a versão 5.5 do MySQL o storage engine InnoDB vem configurado “de fábrica” como padrão.
O InnoDB é um storage engine transacional, 100% ACID, estável e robusto, e, inteiramente, grátis. Reconhecidamente, fez progressos notáveis desde o MySQL 4.x. Com destaques para as melhorias implementadas nas versões: 5.1, 5.5, 5.6, e, recentemente na 5.7.
O fato de o InnoDB vir de fábrica como padrão, nada nos impede de criarmos tabelas (ou alterarmos) utilizando a opção ENGINE, para que estas reflitam o storage engine que mais nos atende.